Após a morte de seu irmão caçula (1987), Carl decide ir para Liberty City. Lá, vive fazendo pequenos serviços para Joey Leone (filho de Salvatore Leone), até 1992 quando sua mãe é assassinada, o que obriga-o a voltar para a sua cidade natal para o funeral de sua mãe. Logo que chega em Los Santos é abordado por membros do C.R.A.S.H. (Community Resources Against Street Hoodlums), um grupo de policiais corruptos formado por Frank Tenpenny, Eddie Pulaski e Jimmy Hernadez. Durante todo o jogo Carl é forçado a trabalhar para a C.R.A.S.H. sob a ameaça de culpa-lo pelo assassinato do policial Ralph Pendlebury e de matar seus entes queridos, caso ele não colabore com os seus pedidos. Carl, obrigado a ficar em Los Santos decide começar a reconstruir a vida que deixou cinco anos atrás. CJ tenta ajudar a reerguer a antiga gangue de seu bairro, a Grove Street Families, e a gangue aliada Varrios Los Aztecas, lutando com as gangues rivais Front Yard Ballas e Los Santos Vagos . CJ precisa também livrar seu bairro do comércio de crack e recuperar o território perdido para as gangues rivais. Após conseguir reerguer sua gangue, CJ acaba descobrindo que os seus amigos e membros da Grove Street Families trairam a gangue. Quando CJ descobre a traição, Sweet arma uma emboscada para o irmão de CJ, Sweet que é atacado por membros da gangue Ballas. CJ consegue entrar no confronto e salvar seu irmão, mas após o tiroteio, a polícia chega e prende Sweet e CJ. Sweet é preso e é acusado de diversos crimes, já CJ é liberado pelos membros do C.R.A.S.H numa área rural de San Andreas para assim, continuar executando trabalhos ilegais para os policias corruptos membros do C.R.A.S.H. Enquanto CJ está longe de Los Santos, as gangues rivais tomam conta da cidade, derrotando a Grove Street Families. Após praticar vários crimes nas zonas rurais do estado, CJ decide recomeçar novamente sua vida em um antigo posto de gasolina em San Fierro junto com seus sócios (sua irmã Kendl, o namorado de Kendl: Cesar, e o hippie The Truth.) Em San Fierro, Carl faz muitos favores para Wu Zi Mu(o chefe dos Tríades Chineses de San Fierro) e infiltrado, consegue destroir o maior cartel de drogas da cidade, o Loco Syndicate, formado pelo traficante T-Bone Mendez, Ryder (ex-amigo de CJ), Mike Toreno e Jizzy B. matando todos os membros. Após conseguir sua vingança e matar Ryder, CJ recebe uma ligação com alguem dizendo que tinha informações sobre seu irmão preso, o que obriga CJ á ir para o deserto onde reside Mike Toreno, que sobreviveu ao ataque de Carl em San Fierro e revela-se seu um agente do governo disfarçado. Agora, CJ começa a trabalhar para Toreno que em troca promete ajudar seu irmão a sair da prisão. CJ acaba indo para Las Venturas, uma cidade repleta de cassinos para novamente trabalhar para Wu Zi Mu e ajuda-lo a eliminar a concorrência com o cassino das máfias italianas planejando um assalto no mesmo. Enquanto está em Las Venturas, CJ resolve ajudar Madd Dogg, o maior rapper de Los Santos que entrou em crise após plagiarem suas rimas. Juntos, Carl e Madd recuperam e desmascaram o plagiador OG Loc. Carl também Mata Pulaski, Tenpenny mata Hernandez em Las Venturas e volta para Los Santos (que está em caos após sua gangue perder território). Toreno cumpre sua parte no acordo feito com CJ e faz com que a libertação de seu irmão mais velho Sweet aconteça. Após voltar para a cidade que foi exilado, CJ planeja continuar na vida de luxo que alcançou em Las Venturas, voltando-se para o empreendimento e négocios, mas
Carl Johnson em ArtworkSweet, pensa diferente: Ele pretende continuar na Groove Street, acabar de uma vez por todas com o tráfico de crack no bairro e restabelecer os territórios da Grove Street Families. CJ no início não aceita continuar na mesma vida que tinha deixado para trás, mas acaba sendo convencido por Sweet e ajudando o irmão. Enquanto isso, o oficial Tenpenny é finalmente preso e posto em julgamento por diversos crimes e delitos, mas ele acaba sendo inocentado por falta de testemunhas contra ele (durante grande parte do jogo CJ é obrigado a matar ou colocar medo em pessoas que podiam incrimina-lo). Após a notícia a população de Los Santos inicia um grande motim em protesto contra a libertação de Tenpenny o que deixa a cidade em caos. Durante esse caos, CJ finalmente consegue invadir o laboratório de crack de Big Smoke e mata-lo. Logo depois, persegue Tenpenny que foge num caminhão dos bombeiros e acaba se envolvendo num acidente e morrendo, acabando com o motim. No fim do jogo, Madd Dogg visita CJ em sua casa para dizer que recebeu um disco de ouro e agradecer por toda a ajuda.
Ao longo do jogo, Carl pode conquistar várias namoradas: Denise em Los Santos, Millie em Las Venturas, Bárbara em El Quebrados, Helena em Flint County e Michele e Katie em San Fierro. Ao contrário dos outros personagens, a aparência de CJ pode ser modificada ao gosto do jogador, podendo ser gordo, magro, musculoso ou "normal". Mas dependendo da sua escolha isso afeta o seu desempenho como em correr longas distâncias, pular muros ou até na força de seus golpes.
Familia Carl Johnson é filho de Beverly Johnson (falecida). Ele é o segundo mais velho Johnson irmão. O mais velho é o seu irmão, Sweet (doce). O mais novo é o seu outro irmão, Brian (falecido), e a caçula a jovem Kendl. Nada se sabe sobre seu pai, apesar de "a introdução" CJ menciona que ele nunca conheceu o pai. CJ não tem quaisquer outros parentes que vivem direta e Sweet e Kendl.
Personalidade Diferente de outros protagonistas da série Grand Theft Auto como Tommy vercetti e Claude, CJ pode fazer diversas coisas como: alimentar-se, fazer exercicios para ter seu fisico ideal, trocar de roupas, nadar, ter relações amorosas com suas namoradas, fazer auto-escolas de aviões, carros e barcos, conquistar territórios para sua Gangue e etc.
Curiosidades Um Easter Egg em Grand Theft Auto IV, CJ possivelmente sugere que morreu ou desapareceu depois de 1992. No entanto, uma referência da sua morte nunca é feita directamente. Carl, é apenas um nome incluído no monte de outros nomes. De qualquer forma, esta não é considerada para o cânone Era GTA III.
Carl é o mais customizável personagem em um jogo para GTAs. UM DOS MELHORES JOGOS DO MUNDO QUEM NUNCA JOGOU ? :)
